0%

春节之后就一直呆在学校,正巧父亲来杭开会,便趁着周五和他一起乘车回家。

在杭州东站看见了应该是认识的女生,但是她身边的男生不是我认识的那一个,所以并不确定,只是远远看着。一回头他们就走了,于是不再关心。

到家已是晚上十点,然而我还是和父母交流了一下这段时间以来的体会和问题,直至深夜。但是并没有什么实质性结果,他们也没有在我的实验室呆过,自然没有处理我遇到的事情的经验。值得学习的仅仅是他们在处理职场人际关系方面的做法。

在家总算可以静心整理最近完成和将要开展的工作了。稍稍感觉到有些跟不上进度,而十一月也快过去一半。读了两篇文献,写了几个小脚本用于处理数据,却大概因为 Windows 系统字符编码的原因没有运行成功。

掏出了尘封五年的旧笔记本电脑,开机后确认了一番有没有遗漏的数据。一无所获。我本来是想找有没有早期的微博和 Twitter 备份的。

阅读全文 »

Hi there! I’m here to share some articles I read recently. They mainly focus on protein sequence-based functional annotations and protein interaction analysis or prediction. Although not all of them are the latest, the articles are no older than one year. I wish I could study from them and apply their methods in my future work.

Protein interaction perturbation profiling at amid-acid resolution

doi:10.1038/nmeth.4464

The research presented a sensitive yeast two-hybrid-based pipeline for positive selection of interaction-disruptive variants by developing Int-Seq, a scalable method that can dissect binary PPI at individual amino-acid resolution.

BBSome interaction Network was drawn.

阅读全文 »

今天看《少女终末旅行》第五话。

开始千和尤找了一个屋子,准备留宿。

这间屋子简直可以用家徒四壁来形容。只有冷冰冰的水泥墙,空洞洞的水泥窗,灰蒙蒙的不知道什么材质的沙发,白惨惨的电灯泡,不知道在水管里躺了多少年的水(咦?)

两位主角瘫在沙发上,想象一个家的模样,设计了理想中床、书架、粮食架和暖气……夕阳西下,梦里什么都有。

然而这个家什么都没有。两位少女只能凭想象获得一时的快慰。她们真正的家,却只是没有屋顶,没有终点的旅途,重复着移动与寻找补给的日常。

阅读全文 »

此文内容为未发布的教材章节,含原创部分,请勿转载。

从来没正经写过教材的章节,语言难免不通顺,而且限于篇幅,并不能涵盖太多信息,写得比较像说明书。如果对此领域已有了解或有十分学习热情的朋友,建议参考 Wikipedia: CytoscapeUser Manual

Cytoscape 概要

Cytoscape 是由美国西雅图系统生物学研究所开发并于2002年发布的开源软件,主要用于分子互作网络可视化和复杂网络分析。目前软件的最新版本是3.5.1。 Cytoscape 可以运行在各种操作系统平台上。官方网址: http://cytoscape.org/

Cytoscape 安装

Cytoscape 需要在 Java 运行环境的支持下使用,因此在安装 Cytoscape 之前,用户的计算机应具备 Java (官方网址: https://java.com)。 Cytoscape 提供了不同操作系统平台的安装包下载,你可以按照自己操作系统的配置选择对应版本下载安装。

阅读全文 »

> 油腻、肥大、与恶臭

其实诸位如果有较强的把握流行话题的能力,在这件事上的熟知程度应该远胜于我。然而很可惜,我既不熟悉也不在意这件事情,甚至是被迫了解有关 油腻中年男、肥大中年女和恶臭男孩女孩 的故事。

起初我甚至没时间也没兴趣去查阅这件事的发起人是谁,但是为了明白大家讨论的对象,还是稍稍搜索了关键词,结果发现关键词之一已经跑上了国内社交网络的热搜,目瞪口呆。

如果说始作俑者的总结是微微嘲讽的幽默,那后来者们牵强附会的发挥可以说是充满恶意的泄愤了。其实发出鄙视的人应该注意到他们的鄙视标准在另一群人的世界中并不重要,而他们本身也有与被鄙视者相似的特性,而被另一群人所津津乐道。

人和人都是有些许差异的,但是从整体上看,任何人都差不多。符合人类公义的,对恶人的道德谴责应该成为社会风尚,但是把注意力放在嘲讽别人一些你不同的特质、生理缺陷、生活方式,用自己的价值观和偏见干预他人的,是一种无异于浪费时间的社交偏见表演。

阅读全文 »

七月半年番

  • Fate/Apocrypha

  • 舞动青春

十月新番

  • 宝石之国

  • 少女终末旅行

  • 新奇诺之旅

  • 泥鲸之子们在沙地上歌唱

  • 魔法使的新娘

Fate/Apocrypha
阅读全文 »

2月6日回学校工作。

今年春节过得也颇为清静,托 G20 的福,我浙放假晚,但是开学也晚呀。

然而放假关我屁事。

在家里休息了几天,人也懒了没把工作捡起来。重新配置了 Ubuntu 虚拟机环境,加了个 TensorFlow, 暂时把 MEAN 丢在一遍,毕竟和学校里的生产环境一点也搭不上边。重新配成了 LAMP。文章也没法看,因为家里的广电宽带 IP 一直跳来跳去,无法用学校 IP 访问期刊网站。更别提远程啦翻墙啦这类最基本的需求。 DigitalOcean 的 VPS 已经销毁了,因为没钱。

总之都是借口啦,春节期间除了修正了睡眠节律之外毫无建树。

阅读全文 »

前几天读了一些神经退行性疾病与RNA相关的研究性文章,感觉这一块待发掘的东西不少。

今天回到学校继续开始工作。

三天前回家休息,调整了一下睡眠,然而还是很困,也不知道回校后生物钟能否正常。

看了天宫二号发射,真稳。感想无他。

买了一波Kindle电子书,然后今天看到了乐视可能收购亚马逊中国的传闻。

中秋节第二天去了三叔家的鱼塘,全家小聚,谈及家人,谈及各种所见。鱼塘还是搞得有模有样的,有不少陌生人过来玩。晚上吃自助,两次出国及一次国内出差经历的对比让我再也忍受不了中式自助,勉强吃了一些自己可以接受的食物。要我说自助就应该简简单单少吃一点,狼吞虎咽简直破坏中式食物的美感。

阅读全文 »

起因是看见妹子在服务器上配置软件遇见不少困难,走了很多弯路依然不成功,最后抱怨开发者不考虑用户。

诚然Linux下部分生物信息学软件的安装说明并不近人情,既没有明确依赖关系,也不会照顾小白把完整的命令行语句放出来,更不会每一步都提供排错方案。但是毕竟是人家开发的软件,如果没有通过安装的话不可能发布。所以虽然我也是个菜鸟,但我相信开发者,也坚持自己的方法:试-错学习。这是一种比较低级的学习方式,但是很有效,可以总结经验,吸取教训,通过逐步累积迈向成功。

前些天看了 Bio-Linux 的介绍,的确是个很强大的生物信息学平台,工作环境覆盖了从笔记本到服务器的多种设备。不过这个系统无非是Ubuntu 14.04LTS整合了300多个生物信息学软件而已,过多的软件可能会很臃肿,不太适合我。所以我想何不照着Bio-Linux的软件列表取自己所需的部分,自己进行安装呢。

说干就干,先装一些基础的,中间碰到不少麻烦,感谢Google和Stackoverflow和CSDN等各种网站,让我能站在前人的肩上触碰云朵。

系统是14.04 LTS (trusty),这一次装的软件是:

阅读全文 »