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前几天读了一些神经退行性疾病与RNA相关的研究性文章,感觉这一块待发掘的东西不少。

今天回到学校继续开始工作。

三天前回家休息,调整了一下睡眠,然而还是很困,也不知道回校后生物钟能否正常。

看了天宫二号发射,真稳。感想无他。

买了一波Kindle电子书,然后今天看到了乐视可能收购亚马逊中国的传闻。

中秋节第二天去了三叔家的鱼塘,全家小聚,谈及家人,谈及各种所见。鱼塘还是搞得有模有样的,有不少陌生人过来玩。晚上吃自助,两次出国及一次国内出差经历的对比让我再也忍受不了中式自助,勉强吃了一些自己可以接受的食物。要我说自助就应该简简单单少吃一点,狼吞虎咽简直破坏中式食物的美感。

晚上陪爸妈以及四叔一家看《星际迷航13》,我是二刷,看完电影不禁回味起自己小时候和妈妈进影院看《指环王1》与《星战前传1》的依稀记忆。睡前看到了某某艺人突然亡故的消息,第二天便成了惊爆娱乐圈的头条新闻,而看客的恶心嘴脸又一次浮现在了讨论的信息流中,令人作呕。

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起因是看见妹子在服务器上配置软件遇见不少困难,走了很多弯路依然不成功,最后抱怨开发者不考虑用户。

诚然Linux下部分生物信息学软件的安装说明并不近人情,既没有明确依赖关系,也不会照顾小白把完整的命令行语句放出来,更不会每一步都提供排错方案。但是毕竟是人家开发的软件,如果没有通过安装的话不可能发布。所以虽然我也是个菜鸟,但我相信开发者,也坚持自己的方法:试-错学习。这是一种比较低级的学习方式,但是很有效,可以总结经验,吸取教训,通过逐步累积迈向成功。

前些天看了 Bio-Linux 的介绍,的确是个很强大的生物信息学平台,工作环境覆盖了从笔记本到服务器的多种设备。不过这个系统无非是Ubuntu 14.04LTS整合了300多个生物信息学软件而已,过多的软件可能会很臃肿,不太适合我。所以我想何不照着Bio-Linux的软件列表取自己所需的部分,自己进行安装呢。

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因为工作需要,写了一个爬虫爬取Expasy的peptidecutter页面。peptidecutter是一个模拟蛋白质水解的工具,本身使用Perl写成。

本来的计划是自己用Python写,参照它的蛋白水解酶酶切规则,实现序列的读入,模拟水解,输出结果的功能。然而时间有限,涉及的酶实在太多,不管是字典还是正则都很麻烦,为了快点实现功能,就猥琐一点,直接写爬虫请求pepcutter的页面就好了,反正用同样的算法,输入相同的序列,返回的值肯定是一样的。

于是开工。

用到的关键模块不外乎这几个:re, urllib, urllib2。

访问的url是: http://web.expasy.org/cgi-bin/peptide_cutter/peptidecutter.pl

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首先为布鲁塞尔机场和爆炸事件中的死难者祈祷。强烈谴责自杀式袭击者的卑劣行为。

今天整理完了南非之行的照片。大致写了一些Peptide数据库的文章的段落。

吃了全家的新产品唐扬鸡块咖喱蛋包饭,相当赞。

终于又坐在自己的台式机前了!

回国后的第一个周一,昨天倒时差失败,今天把落后六个小时倒成落后两个小时,可是还是迟到了。

但是无论如何,CPT的灿烂阳光、洁净蓝天、深邃大海和热情活泼的人、憨态可掬的企鹅还有丰富的西式美食已经是过去式。如今的我还是坐在办公室的一个普通学生,并且向往着更好的自己,不断努力。

明确一些今后的任务。

  • 南非学术交流整理
  • 完成iCelLoc的接口编程
  • 同源映射预测蛋白互作项目
  • 活性肽项目的收尾

1.南非学术交流整理

需要做的事有:整理照片、总结一下17日会议的报告内容。照片将在明晚之前搞定,会议总结在周四晚上搞定。

2.iCelLoc接口编程

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这一周的前三天眼睁睁地浪费掉了。原因是给导师写永无止境的基金申请书。几乎全实验室都被动员起来,写完正文写摘要,又是画图又是翻译,校内校外到处跑。看着时间从手里流失是一件非常痛苦的事,然而我非常清楚其实有很多琐碎的时间都能拿来完成一些事情,所以这不应该只考虑外因。但是由于个人心理方面的因素,这几个月对碎片化的时间利用率非常低,唯一考虑做的事情就是吸取信息,于是总是会无所事事地看看推特看看微博做点记录,对于自己的实际发展的作用很有限。我们都明白不把一件事赶快搞定就没法安心做另一件事,所以谁都是表面上毫无怨言地撑下去,默默地无可奈何地把“别人的任务”搞定。我个人相对来说比较欠缺多线程工作的能力,所以碰到二月中旬以来的这种状况,自觉比较吃亏。要是没有这么一个地方让我做记录,我都无法明白地控制自己一天做了什么要做什么。

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写了两天的基金了。完全没有意识到是这么令人头大的事。

在DigitalOcean上安装R失败。

南非的报告幻灯片还压根没动。

手里还有四个任务要同时做。

今天iPod不能开机一次,Home+电源键才恢复。就这一个星期使用iOS的体验,我觉得还是比较满意的。

98站务组开会达成了新的目标。新的一年98会如何发展呢,真期待啊。

这几天的新闻报道都比较敏感,某些人简直草木皆兵。生活在这个国家的窒息感越来越重了。

我必须要坚持下去,把握自己的原则,追求自己想要的东西,一刻不停地向往自由。

做了一个梦。梦里的我在找你,一路上遇见了许许多多过去的朋友,他们聚成好多群,和我搭话。

真的好怀念那时候。

今天要花时间写一份国家自然基金申请书的某一段。

天气不错,心情也好。虽然早上起来发现Travian里的三村被隔壁老外给夷平了,不过游戏嘛,认真就输了。

感觉自己有思路,希望午饭前后能把内容憋出来。

加油!

好消息,全部物种的同源映射终于跑完了。Homo sapiens的时间最长花了三天。

下一步,写个Python脚本做一个表,大致上是这几个Column: species1, header1, header2, species2, sequence1, sequence2, taxid1, taxid2。

应该很快就可以搞定。

从微博获知了吴谢宇涉嫌杀母事件。目前案件未侦破,舆论再一次无下限地将矛头指向某高校,可谓居心叵测。从Google上搜到了嫌疑人当年发的GRE经验,行文间看不出有什么思路不清或者精神错乱的问题,明明是个很优秀的学生,但是人是会变的,如果犯人真的是吴谢宇本人,那只能说他自己选择走上这条不归路,犯下了极大的罪孽。恶的根源是什么?也只有他本人清楚。