0%

今天看《少女终末旅行》第五话。

开始千和尤找了一个屋子,准备留宿。

这间屋子简直可以用家徒四壁来形容。只有冷冰冰的水泥墙,空洞洞的水泥窗,灰蒙蒙的不知道什么材质的沙发,白惨惨的电灯泡,不知道在水管里躺了多少年的水(咦?)

两位主角瘫在沙发上,想象一个家的模样,设计了理想中床、书架、粮食架和暖气……夕阳西下,梦里什么都有。

然而这个家什么都没有。两位少女只能凭想象获得一时的快慰。她们真正的家,却只是没有屋顶,没有终点的旅途,重复着移动与寻找补给的日常。

这幅惨状,让我一瞬间想到了《许三观卖血记》里用嘴炒菜的片段,正因为文字的力量太过强大,所以一直难以忘怀——对那些红烧肉、清炖鲫鱼和炒猪肝

Read more »

此文内容为未发布的教材章节,含原创部分,请勿转载。

从来没正经写过教材的章节,语言难免不通顺,而且限于篇幅,并不能涵盖太多信息,写得比较像说明书。如果对此领域已有了解或有十分学习热情的朋友,建议参考 Wikipedia: CytoscapeUser Manual

Cytoscape 概要

Cytoscape 是由美国西雅图系统生物学研究所开发并于2002年发布的开源软件,主要用于分子互作网络可视化和复杂网络分析。目前软件的最新版本是3.5.1。 Cytoscape 可以运行在各种操作系统平台上。官方网址: http://cytoscape.org/

Read more »

> 油腻、肥大、与恶臭

其实诸位如果有较强的把握流行话题的能力,在这件事上的熟知程度应该远胜于我。然而很可惜,我既不熟悉也不在意这件事情,甚至是被迫了解有关 油腻中年男、肥大中年女和恶臭男孩女孩 的故事。

起初我甚至没时间也没兴趣去查阅这件事的发起人是谁,但是为了明白大家讨论的对象,还是稍稍搜索了关键词,结果发现关键词之一已经跑上了国内社交网络的热搜,目瞪口呆。

如果说始作俑者的总结是微微嘲讽的幽默,那后来者们牵强附会的发挥可以说是充满恶意的泄愤了。其实发出鄙视的人应该注意到他们的鄙视标准在另一群人的世界中并不重要,而他们本身也有与被鄙视者相似的特性,而被另一群人所津津乐道。

Read more »

七月半年番

  • Fate/Apocrypha

  • 舞动青春

十月新番

  • 宝石之国

  • 少女终末旅行

  • 新奇诺之旅

  • 泥鲸之子们在沙地上歌唱

  • 魔法使的新娘

Fate/Apocrypha

型月 神奇东出 搞笑 奇幻 神话 外传小说改

我对乱成一锅粥的圣杯战争没什么兴趣,身为非原作党,只是为了声优和部分从者角色而坚持下来的。新 OP 和 ED 很不错。

舞动青春

青春励志 竞技体育 漫改

虽然明显看出动画制作过程因为各种原因存在相当大的硬伤,但是有国人动作作画监督参与是作品质量的保险,而且后半程的剧情也越来越紧凑和有张力,千夏和多多良的互动也是当前的主要冲突,让人难以释怀。新 OP 和 ED 都非常好听。

Read more »

2月6日回学校工作。

今年春节过得也颇为清静,托 G20 的福,我浙放假晚,但是开学也晚呀。

然而放假关我屁事。

在家里休息了几天,人也懒了没把工作捡起来。重新配置了 Ubuntu 虚拟机环境,加了个 TensorFlow, 暂时把 MEAN 丢在一遍,毕竟和学校里的生产环境一点也搭不上边。重新配成了 LAMP。文章也没法看,因为家里的广电宽带 IP 一直跳来跳去,无法用学校 IP 访问期刊网站。更别提远程啦翻墙啦这类最基本的需求。 DigitalOcean 的 VPS 已经销毁了,因为没钱。

总之都是借口啦,春节期间除了修正了睡眠节律之外毫无建树。

前些天盯着自己的自动填充密码却怎么也想不起那一串星号背后的字母是啥了。心想脑子不靠谱自动备份其实也不靠谱。刚刚 GitLab 就崩了,原因是运维人员手残 + 备份全部失效。惨痛的教训也警醒了我,是时候减少自己对数据的依赖程度了。

Read more »

前几天读了一些神经退行性疾病与RNA相关的研究性文章,感觉这一块待发掘的东西不少。

今天回到学校继续开始工作。

三天前回家休息,调整了一下睡眠,然而还是很困,也不知道回校后生物钟能否正常。

看了天宫二号发射,真稳。感想无他。

买了一波Kindle电子书,然后今天看到了乐视可能收购亚马逊中国的传闻。

中秋节第二天去了三叔家的鱼塘,全家小聚,谈及家人,谈及各种所见。鱼塘还是搞得有模有样的,有不少陌生人过来玩。晚上吃自助,两次出国及一次国内出差经历的对比让我再也忍受不了中式自助,勉强吃了一些自己可以接受的食物。要我说自助就应该简简单单少吃一点,狼吞虎咽简直破坏中式食物的美感。

晚上陪爸妈以及四叔一家看《星际迷航13》,我是二刷,看完电影不禁回味起自己小时候和妈妈进影院看《指环王1》与《星战前传1》的依稀记忆。睡前看到了某某艺人突然亡故的消息,第二天便成了惊爆娱乐圈的头条新闻,而看客的恶心嘴脸又一次浮现在了讨论的信息流中,令人作呕。

Read more »

起因是看见妹子在服务器上配置软件遇见不少困难,走了很多弯路依然不成功,最后抱怨开发者不考虑用户。

诚然Linux下部分生物信息学软件的安装说明并不近人情,既没有明确依赖关系,也不会照顾小白把完整的命令行语句放出来,更不会每一步都提供排错方案。但是毕竟是人家开发的软件,如果没有通过安装的话不可能发布。所以虽然我也是个菜鸟,但我相信开发者,也坚持自己的方法:试-错学习。这是一种比较低级的学习方式,但是很有效,可以总结经验,吸取教训,通过逐步累积迈向成功。

前些天看了 Bio-Linux 的介绍,的确是个很强大的生物信息学平台,工作环境覆盖了从笔记本到服务器的多种设备。不过这个系统无非是Ubuntu 14.04LTS整合了300多个生物信息学软件而已,过多的软件可能会很臃肿,不太适合我。所以我想何不照着Bio-Linux的软件列表取自己所需的部分,自己进行安装呢。

Read more »

因为工作需要,写了一个爬虫爬取Expasy的peptidecutter页面。peptidecutter是一个模拟蛋白质水解的工具,本身使用Perl写成。

本来的计划是自己用Python写,参照它的蛋白水解酶酶切规则,实现序列的读入,模拟水解,输出结果的功能。然而时间有限,涉及的酶实在太多,不管是字典还是正则都很麻烦,为了快点实现功能,就猥琐一点,直接写爬虫请求pepcutter的页面就好了,反正用同样的算法,输入相同的序列,返回的值肯定是一样的。

于是开工。

用到的关键模块不外乎这几个:re, urllib, urllib2。

访问的url是: http://web.expasy.org/cgi-bin/peptide_cutter/peptidecutter.pl

Read more »

首先为布鲁塞尔机场和爆炸事件中的死难者祈祷。强烈谴责自杀式袭击者的卑劣行为。

今天整理完了南非之行的照片。大致写了一些Peptide数据库的文章的段落。

吃了全家的新产品唐扬鸡块咖喱蛋包饭,相当赞。