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做了一个梦。梦里的我在找你,一路上遇见了许许多多过去的朋友,他们聚成好多群,和我搭话。

真的好怀念那时候。

今天要花时间写一份国家自然基金申请书的某一段。

天气不错,心情也好。虽然早上起来发现Travian里的三村被隔壁老外给夷平了,不过游戏嘛,认真就输了。

感觉自己有思路,希望午饭前后能把内容憋出来。

加油!

好消息,全部物种的同源映射终于跑完了。Homo sapiens的时间最长花了三天。

下一步,写个Python脚本做一个表,大致上是这几个Column: species1, header1, header2, species2, sequence1, sequence2, taxid1, taxid2。

应该很快就可以搞定。

从微博获知了吴谢宇涉嫌杀母事件。目前案件未侦破,舆论再一次无下限地将矛头指向某高校,可谓居心叵测。从Google上搜到了嫌疑人当年发的GRE经验,行文间看不出有什么思路不清或者精神错乱的问题,明明是个很优秀的学生,但是人是会变的,如果犯人真的是吴谢宇本人,那只能说他自己选择走上这条不归路,犯下了极大的罪孽。恶的根源是什么?也只有他本人清楚。

今天得知南非的签证已经办下来了,想想这两个月各种折腾也值了。随即定了机票,3.14从杭州途径香港去开普敦,3.18原路返回。

去南非交流的内容大约是植物表型组学的合作研究吧,顺便每个人还有自己的报告要做。然而这么多天一事无成,连幻灯片也没做好。

今天是女儿节。

昨晚得知高中时代一直关注的网球文字直播员癌症去世的消息,极为震惊。年轻的生命就这样凋谢,实在可惜。感谢Eric让我能更好地了解网球,爱上网球。

今天还有什么事……啊,今天还是专注于PRIN的构建。昨晚写了一部分iCelLoc的后台脚本,可惜工作效率不是很高,写出来的程序算法也不太好,预计要运行很长时间。

加油。

仔细检查了index.html的代码,发现Kasper主题可以自己选择是否添加封面图。

于是打开Photoshop自己做了一张。支持原创嘛。

这句话是Linux命令行下我比较喜欢的语句。

人生就是选择题,但是任何选择都不能阻止我前行的脚步。

永不妥协。

Do you want to continue?

从昨天算起已经荒废了一天半的时间。

昨天写了biopeptidedb的introduction,但是没写完,因为有一段需要参考很多文献。

PRIN那块没有碰,因为看到人类的数据没跑好就没有心情,而且我的脑子里同时想着到底是先处理同源映射呢还是先处理互作数据的整合,还是做别的事情?

于是就在这种纠结的心情中浪费了大量的时间,空坐在电脑前。我对自己很不满意。

我因为各种各样的理由推脱,逃避,然而还是走到了今天,这一切都是因为有太多人在包容我。

不再快点做些什么的话……

Tweetdeck真乃提升阅读体验和效率的神器。

今天是2月29日呢,需不需要特别纪念一下呢。好吧也没啥大不了的。

虽然标题写着今天要做什么但是我对具体步骤毫无头绪。是缺乏这方面的才能吗,还是因为拖延和害怕失败而驻足不前呢。

还有另外两项头疼的事情在干扰我。痛苦。先做那两件事吧。

不知不觉已经是月底,今年有2月29日,不然时间会更紧张一些。

昨天完成了模式生物蛋白互作数据的查询,涉及数据库有BioGrid,DIP,IntAct。

话说这些数据真是难办,非得先用买的DO服务器下下来才能用代理正常拖到本地。

另一方面InParanoid的运行,光改权限似乎不行,我必须用root身份运行程序才行。今天可以集体跑起来了。

先这样。

更新:目前下载完了BioGrid, DIP, MINT, IntAct, STRING, 其中只有STRING自带物种分类,其他没有。另外从Uniprot上下载的表格可以作为物种分类的参考。

现在对于如何整合不同数据库的数据还没有头绪,另一方面InParanoid的九个进程跑完了六个,还没看结果不过不出意外的话应该都很成功,坐等剩下三个完成。

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好的,现在稍作休息。
实在是拖得不能再拖了,手里的PRIN项目不赶快结束掉,不但今后自己的研究之路会被毁掉,在实验室也会没有立足之地。
逐渐觉得自己的注意力在不断的下降后,对自己坚持做一件事情越来越没有信心,将工作效率的下降简单归咎于外界干扰,实际上是懦夫的行为。
但是我真的很难在用心隔绝一切外借骚扰。

先来整理一下PRIN的流程吧。

首先是获取模式生物和目标物种的蛋白序列。统计序列长度。
接着利用InParanoid软件构建目标物种和模式生物的同源映射。
通过从公共数据库找到的模式生物的蛋白互作信息,依据同源映射预测目标物种的蛋白互作。
构建模型,得到准确的预测结果。

好的,就这么几步,为什么我会拖上大半年?任务的难度在哪里?
首先,我没有相应的素质。
然后,样本数据过少。
再次,不同公共数据库的数据标识差别太大,整合难度大。

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“啊,她睁眼了。”

——我……在哪儿?

“N#$#!)小姐,能听见我说话吗?”

——……嗯。

“你现在的情况依然很危险,但是请不要慌张,这里的医生会竭尽全力帮助你。”

——……

“现在我们想请你回答几个问题,尽可能说一些,可以吗?“

——……

”&7=@A小姐——“
”不要!别告诉他!“
”——在什么地方?“

——什么?