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今天是2月29日呢,需不需要特别纪念一下呢。好吧也没啥大不了的。

虽然标题写着今天要做什么但是我对具体步骤毫无头绪。是缺乏这方面的才能吗,还是因为拖延和害怕失败而驻足不前呢。

还有另外两项头疼的事情在干扰我。痛苦。先做那两件事吧。

不知不觉已经是月底,今年有2月29日,不然时间会更紧张一些。

昨天完成了模式生物蛋白互作数据的查询,涉及数据库有BioGrid,DIP,IntAct。

话说这些数据真是难办,非得先用买的DO服务器下下来才能用代理正常拖到本地。

另一方面InParanoid的运行,光改权限似乎不行,我必须用root身份运行程序才行。今天可以集体跑起来了。

先这样。

更新:目前下载完了BioGrid, DIP, MINT, IntAct, STRING, 其中只有STRING自带物种分类,其他没有。另外从Uniprot上下载的表格可以作为物种分类的参考。

现在对于如何整合不同数据库的数据还没有头绪,另一方面InParanoid的九个进程跑完了六个,还没看结果不过不出意外的话应该都很成功,坐等剩下三个完成。

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好的,现在稍作休息。
实在是拖得不能再拖了,手里的PRIN项目不赶快结束掉,不但今后自己的研究之路会被毁掉,在实验室也会没有立足之地。
逐渐觉得自己的注意力在不断的下降后,对自己坚持做一件事情越来越没有信心,将工作效率的下降简单归咎于外界干扰,实际上是懦夫的行为。
但是我真的很难在用心隔绝一切外借骚扰。

先来整理一下PRIN的流程吧。

首先是获取模式生物和目标物种的蛋白序列。统计序列长度。
接着利用InParanoid软件构建目标物种和模式生物的同源映射。
通过从公共数据库找到的模式生物的蛋白互作信息,依据同源映射预测目标物种的蛋白互作。
构建模型,得到准确的预测结果。

好的,就这么几步,为什么我会拖上大半年?任务的难度在哪里?
首先,我没有相应的素质。
然后,样本数据过少。
再次,不同公共数据库的数据标识差别太大,整合难度大。

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“啊,她睁眼了。”

——我……在哪儿?

“N#$#!)小姐,能听见我说话吗?”

——……嗯。

“你现在的情况依然很危险,但是请不要慌张,这里的医生会竭尽全力帮助你。”

——……

“现在我们想请你回答几个问题,尽可能说一些,可以吗?“

——……

”&7=@A小姐——“
”不要!别告诉他!“
”——在什么地方?“

——什么?