Cytoscape 基础（文字初版）
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从来没正经写过教材的章节，语言难免不通顺，而且限于篇幅，并不能涵盖太多信息，写得比较像说明书。如果对此领域已有了解或有十分学习热情的朋友，建议参考 Wikipedia: Cytoscape 和 User Manual
Cytoscape 概要
Cytoscape 是由美国西雅图系统生物学研究所开发并于2002年发布的开源软件，主要用于分子互作网络可视化和复杂网络分析。目前软件的最新版本是3.5.1。 Cytoscape 可以运行在各种操作系统平台上。官方网址： http://cytoscape.org/。
Cytoscape 安装
Cytoscape 需要在 Java 运行环境的支持下使用，因此在安装 Cytoscape 之前，用户的计算机应具备 Java （官方网址： https://java.com）。 Cytoscape 提供了不同操作系统平台的安装包下载，你可以按照自己操作系统的配置选择对应版本下载安装。
Cytoscape 和其他软件的比较
相比于其他网络可视化软件， Cytoscape 的优势体现在：操作丰富，包含大量插件，支持多种格式的导入与导出，并且能良好支持生物数据专用的文件格式（如 SBML）。Cytoscape 在系统生物学领域的应用尤为突出，并且可以应用于生物学之外的领域，它还提供了官方 JavaScript 库用于网页开发。而同样有类似特性的软件包括 R 和 Gelphi. 但是它们相对于 Cytoscape 的不足在于： R 主要面向统计计算，要进行网络分析和可视化，需要安装一些第三方的软件包，并且它完全由命令行输入代码操作，需要使用者有一定编程基础；而 Gelphi 并非针对生物学网络开发的软件，相对于 Cytoscape 功能较少，开发成熟程度也较差。
相比之下， R 同样具有丰富的软件包和精细的图像导出预设，熟练使用后可以实现更加复杂的互作网络生成和分析，在学术研究领域也是比较好的选择; Gelphi 更加轻便、简化，适合生物学互作关系网络研究的初学者，此外它具备更加美观的预设和内建的统计分析模块。
由于 Cytoscape 是开源软件，由核心开发团队和众多开发者共同开发维护，随着软件版本的更新，相信 Cytoscape 的功能会越来越丰富与强劲。
Cytoscape 基本操作
一、认识界面
Cytoscape 在2013年发布3.0版本后，发生了较大的变化。以3.5.1为例，目前 Cytoscape 软件的界面更加模块化。界面顶端是菜单和工具栏，用于执行各种对网络和文件的操作。占据界面左侧的是控制台，可以管理、调整并筛选网络中的节点和连线。界面最突出的区域是可视化区域，用于展示和移动网络可视化。可视化区域的下方是数据栏，以列表的形式展现网络中节点与连线的具体信息。
二、基本网络操作
节点和连线的操作
在可视化区域右键点击唤出快捷菜单，实现节点和连线的创建
Add，在可视化区域中实现节点的移动（左键拖动），节点和连线的删除或剪切（Delete
键或 Ctrl + X）视图的放大缩小（鼠标滚轮）。
节点和连线的样式改变
在可视化区域右键点击唤出快捷菜单，对选中节点和连线的样式进行单独设置。在控制面板的 Style 栏中实现网络全局、映射调整和对选中节点和连线的样式进行单独设置。
网络分析
在菜单栏中选择 NetworkAnalyzer，运行网络分析，在数据栏生成新的列展示网络节点和连线的具体属性，计算节点的度与连线的加权。
子网络的构建
选择感兴趣的节点，使用菜单栏或工具栏的选项构建子网络，选择相应层级的邻接节点构建多层子网络。
三、文件操作
导入网络文件
通过菜单栏或工具栏导入文件，选择文件位置，选择数据格式和属性，导入网络视图。在导入网络的过程中，你可以通过对话框与 Cytoscape 交互，调整输入数据的分隔格式。 Cytoscape 对不同文件的格式有良好的适应性，可以到入用各种符号分隔的数据表。
导入表格
通过菜单栏或工具栏导入表格文件，这些表格文件多为网络节点或者连线的属性注释。选择文件位置，选择数据格式和属性，导入数据栏，用于后续操作。同样，你也可以用与导入网络过程中类似的对话框与 Cytoscape 交互，调整输入数据的分隔格式。
导出网络图像
将所需导出的网络视图调整为适当大小，确保不超出可视化区域边缘。利用菜单栏或工具栏导出图像，选择文件导出位置和图像格式（支持 JPEG、 PDF、 PNG 等格式）。
Cytoscape 实现互作网络可视化
我们使用 Cytoscape
安装目录中的示例数据构建一个简单的蛋白质互作网络。在
sampleData/ 目录中找到 galFiltered.sif，在
Cytoscape
中使用“导入网络”操作。点击顺序为：File → Import → Network → File.
观察数据栏可知该文件表示酵母蛋白的两两互作。
Figure 9. 导入示例数据 galFiltered.sif
在可视化界面即可查看导入的网络，使用菜单栏的 “Layouts” 菜单调整网络布局。使用控制面板 “Style” 页面对网络的节点、连线及整体进行手动调整。
也可以使用“导入表格”操作加入附加表格文件，作为网络的属性，映射到对应的节点或连线上。在弹出的对话框中完成正确的映射后，观察 Cytoscape 下方数据栏，即可找到增加的节点或连线属性，可以根据此在控制面板的 “Style” 页面对网络的节点、连线及整体进行批量调整。
如果没有附加表格，也可以直接通过网络分析工具创建网络的基本统计属性。点击顺序为：
Tools → Network Analyzer → Network Analysis → Analyze Network.
增加基本统计属性后也可以此为参数设置网络的 Style.
Figure 10. 对 galFiltered 进行网络分析
完成上述工作后，再手动对网络的节点位置进行微调，移开重叠的节点。
也可以参照视频教程，结合 此处打码
中的数据进行较大规模网络的构建。
Cytoscape 插件
Cytoscape 具备丰富的插件支持，例如，用于 GO 富集分析的 BiNGO，用于文献挖掘的 Agilent Literature Search.
可以在菜单中打开插件管理器，搜索所需的插件进行下载安装，也可以通过来自网络或其他位置的 jar 文件安装，安装后即可在菜单栏插件列表中点击运行。Cytoscape 在丰富的插件支持下，功能变得更加强大，也更受多个领域的研究人员的青睐。