Predicted protein interactome for T.reesei collection of interaction data

不知不觉已经是月底,今年有2月29日,不然时间会更紧张一些。

昨天完成了模式生物蛋白互作数据的查询,涉及数据库有BioGrid,DIP,IntAct。

话说这些数据真是难办,非得先用买的DO服务器下下来才能用代理正常拖到本地。

另一方面InParanoid的运行,光改权限似乎不行,我必须用root身份运行程序才行。今天可以集体跑起来了。

先这样。

更新:目前下载完了BioGrid, DIP, MINT, IntAct, STRING, 其中只有STRING自带物种分类,其他没有。另外从Uniprot上下载的表格可以作为物种分类的参考。

现在对于如何整合不同数据库的数据还没有头绪,另一方面InParanoid的九个进程跑完了六个,还没看结果不过不出意外的话应该都很成功,坐等剩下三个完成。

如果顺利完成互作数据整合的话我该如何构建映射矩阵呢。

快想啊,要来不及了。